Tienes dos maneras de quitar pedidos de una ruta, la primera es tomar el pedido y arrastrarlo al panel de la abajo:

La segunda manera es clickear la cruz disponible en cada uno de los pedidos:

Y la ruta se actualizará, junto con todos sus indicadores (kilometros, tiempos, guías entregadas, etc)

No olvides guardar para quedarte con los cambios realizados.