Tienes dos maneras de quitar pedidos de una ruta, la primera es tomar el pedido y arrastrarlo al panel de la abajo:
La segunda manera es clickear la cruz disponible en cada uno de los pedidos:
Y la ruta se actualizará, junto con todos sus indicadores (kilómetros, tiempos, órdenes entregadas, etc)
No olvides guardar para quedarte con los cambios realizados.